Первая церковь построена в деревне Меркутино в 1700 году и освящена во имя святого апостола Иоанна Богослова. В состав прихода вошли 74 крестьянских двора. В 1808 году вместо деревянной церкви построен каменный двухэтажный храм. В 1891 году при храме была открыта церковно-приходская школа. В 1936 году церковь была закрыта, её имущество разграблено, однако само здание простояло в относительно целом виде до 1960-х годов. На настоящий момент церковь представляет собой руины, восстановления не планируется. При этом захоронения на погосте продолжаются по сей день.